Protein–RNA interactions for Protein: P48742

LHX1, LIM/homeobox protein Lhx1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX1P48742 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 ZFPL1-207ENST00000526791 384 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AC133550.2-201ENST00000567731 544 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 UBE2E3-205ENST00000602475 602 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 TBRG4-201ENST00000258770 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 C21orf33-201ENST00000291577 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AC134312.5-201ENST00000568031 1313 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LHX1P48742 TOMM70-201ENST00000284320 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 MVB12B-201ENST00000361171 4819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 FAM230B-201ENST00000415376 1859 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AC008079.1-201ENST00000434390 1859 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 CKLF-203ENST00000351137 508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 FKBP1B-201ENST00000380986 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AL645937.2-201ENST00000396808 931 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AC079776.1-201ENST00000401540 1152 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 HIST1H2BPS3-201ENST00000419683 341 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AL353747.3-201ENST00000454185 579 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 APRT-204ENST00000563655 709 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AC010503.1-201ENST00000596027 520 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 EIF4G3-205ENST00000400422 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 CYP2E1-201ENST00000252945 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 MIDN-201ENST00000300952 3790 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 TRMT10C-201ENST00000309922 1819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 CXorf38-202ENST00000378421 2380 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 ASXL1-210ENST00000613218 7038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LHX1P48742 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 FAN1-207ENST00000565466 2304 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 TNN-201ENST00000239462 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 ZFAND5-204ENST00000376960 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 UCHL3-201ENST00000377595 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 BOLA2P3-201ENST00000404566 256 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AL357497.1-201ENST00000436249 666 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 AL354710.2-201ENST00000468244 550 ntTSL 4 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 KRBOX4-206ENST00000478600 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LHX1P48742 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 100.2 ms