Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RPL28-207ENST00000558815 616 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SNAP25-AS1-208ENST00000605592 556 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 TUBA3E-201ENST00000312988 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SERPINF2-203ENST00000450523 1462 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ABCC10-201ENST00000244533 5088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 FYTTD1-201ENST00000241502 6866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 B9D1-209ENST00000477478 1353 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RRBP1-204ENST00000377813 5041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SPOCK1-202ENST00000394945 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 PIK3CD-206ENST00000536656 5483 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 PIK3CD-208ENST00000628140 5483 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CDPF1-204ENST00000404744 1541 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RHCE-205ENST00000349438 1235 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-35-201ENST00000390617 366 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 STX1A-203ENST00000395155 783 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 LINC01067-201ENST00000432575 664 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 FAM162A-202ENST00000469967 1015 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AL163974.1-201ENST00000554540 466 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 LINC00928-204ENST00000561201 1123 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC105020.3-201ENST00000566036 560 ntTSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 PITPNM3-201ENST00000262483 7086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SNPH-202ENST00000381873 4995 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AP003680.1-201ENST00000598970 3660 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 GPR158-AS1-201ENST00000449643 2433 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 NFIC-202ENST00000395111 1755 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 PPP1R26-206ENST00000605660 4502 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 NHEG1-202ENST00000432330 1357 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SMARCA2-214ENST00000450198 5602 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ACBD5-202ENST00000375897 4173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 POMP-201ENST00000380842 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 PAQR8-202ENST00000442253 4738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SNAP91-213ENST00000521485 4521 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 KRTAP19-3-201ENST00000334063 522 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 FAM86MP-201ENST00000340703 885 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 STMN1-201ENST00000357865 1137 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 APOA1-204ENST00000375323 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RAB34-210ENST00000436730 863 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 NME2-206ENST00000513177 692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 ANKS3-227ENST00000592711 580 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC3Q9BQI4 RAB34-222ENST00000625712 994 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms