Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ZNF750-202ENST00000572562 1513 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 COX6B2-201ENST00000326529 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 MAX-201ENST00000246163 897 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 C6orf52-201ENST00000259983 619 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 TMEM40-201ENST00000264728 984 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 IL27-201ENST00000356897 1044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 DPCD-202ENST00000370151 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 EVA1A-204ENST00000410071 777 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 IP6K2-205ENST00000413298 792 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AL391832.2-201ENST00000418557 889 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC011742.3-201ENST00000439053 820 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AL139246.4-201ENST00000442305 514 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CHMP1AP1-201ENST00000445563 662 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AL160290.2-202ENST00000448671 574 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC234782.1-201ENST00000451950 919 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC004522.2-201ENST00000456499 680 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC012618.1-201ENST00000461223 412 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC105389.3-201ENST00000508038 907 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 LY6E-208ENST00000520531 490 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AP003171.2-201ENST00000528208 925 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC110285.3-201ENST00000574472 665 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC026740.1-201ENST00000607068 791 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 GPR39-203ENST00000622084 900 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 LINC00327-203ENST00000576696 1308 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 FAM153A-220ENST00000513554 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CLU-215ENST00000523500 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 FRMD3-202ENST00000328788 964 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ERCC1-203ENST00000340192 949 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 TCL1B-201ENST00000340722 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 TNNT2-206ENST00000367320 1007 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 PRTFDC1-203ENST00000376378 747 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 KLK8-204ENST00000391806 1051 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ATP6V1G2-210ENST00000483251 662 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 LINC02332-201ENST00000557232 386 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 C15orf40-211ENST00000565712 559 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC023824.4-202ENST00000569557 849 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 NAT9-212ENST00000581136 1011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 DYRK1B-208ENST00000601972 772 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AC073352.2-201ENST00000609385 439 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AL031665.1-201ENST00000619766 572 ntTSL 4 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AL023803.2-201ENST00000620080 638 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 HLA-C-210ENST00000640219 976 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 HTR4-209ENST00000521530 1323 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ATG10-203ENST00000458350 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC17.08■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.6 ms