Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 BLVRB-201ENST00000263368 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 S100A16-201ENST00000368703 946 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC022494.1-201ENST00000466044 728 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC082651.1-201ENST00000478468 832 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC104989.1-201ENST00000519711 778 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC007611.1-201ENST00000568150 826 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 H2BFM-203ENST00000598335 465 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC233724.13-201ENST00000598383 410 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ASAP3-212ENST00000618240 2226 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TCEA2-203ENST00000361317 1427 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CBX7-201ENST00000216133 4081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ROBO1-209ENST00000495273 5600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ZNF276-201ENST00000289816 4589 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 RAB29-201ENST00000235932 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 MYH6-201ENST00000356287 5871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ANKEF1-201ENST00000378380 5303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC097717.1-202ENST00000457577 740 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 C19orf53-206ENST00000593274 491 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 WIZ-207ENST00000599910 4609 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 DIABLO-203ENST00000353548 1345 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 EGFR-206ENST00000454757 5464 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 KDM5C-205ENST00000404049 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 IQCE-203ENST00000402050 6844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CDS2-203ENST00000460006 9298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 MAST1-201ENST00000251472 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SYTL2-215ENST00000527523 3049 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PCDHB13-201ENST00000341948 5061 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 POU5F1B-201ENST00000465342 5360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 DHX36-213ENST00000496811 6733 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AL450998.2-201ENST00000418525 639 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 HOXB-AS1-201ENST00000435312 806 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SVIL-AS1-208ENST00000446807 1007 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.4 ms