Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 LENG8-209ENST00000616932 2825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC011495.1-201ENST00000498085 584 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SYNE2-228ENST00000639659 1290 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 COX11-210ENST00000639671 696 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ITGB8-201ENST00000222573 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 C14orf79-205ENST00000549240 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 B9D1-209ENST00000477478 1353 ntTSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 CDH1-202ENST00000422392 2567 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 KCNQ2-204ENST00000359125 3253 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 C3orf67-201ENST00000295966 2650 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 WARS-232ENST00000556645 2508 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 POLDIP3-202ENST00000339677 783 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC13.52□□□□□ -0.24
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CHD3Q12873 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 FAM221A-203ENST00000409653 761 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 FAM221A-204ENST00000409994 1136 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
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CHD3Q12873 ZNF815P-202ENST00000422825 805 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC13.52□□□□□ -0.24
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CHD3Q12873 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 REXO1L6P-201ENST00000603433 1515 ntBASIC13.52□□□□□ -0.24
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CHD3Q12873 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
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CHD3Q12873 ATP5F1-202ENST00000369722 3156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
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CHD3Q12873 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ARHGAP5-205ENST00000433497 3047 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 DSCR3-202ENST00000398998 988 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC105940.2-201ENST00000421055 380 ntTSL 3 BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 IL32-215ENST00000529550 772 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 MIR4259-201ENST00000584466 101 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ELOF1-203ENST00000586683 2154 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
CHD3Q12873 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.25
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