Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 RBFOX2-201ENST00000262829 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 AP4M1-201ENST00000359593 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 AP4M1-206ENST00000429084 1836 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 OR6A2-201ENST00000332601 1373 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 MPZL2-202ENST00000438295 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 PLCXD2-204ENST00000477665 1721 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 APRT-201ENST00000378364 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 HSPC324-201ENST00000411904 557 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 HNRNPA1P63-201ENST00000427917 963 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 CEP164P1-201ENST00000455142 418 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 AC079349.1-201ENST00000509096 589 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 AAMDC-206ENST00000526415 579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 RPL28-208ENST00000559463 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 IFT20-208ENST00000578985 831 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 NFIC-204ENST00000586919 1221 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 AC009452.1-201ENST00000640823 606 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 AMT-202ENST00000395338 1831 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 BTD-207ENST00000449107 1820 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 CRYBB3-201ENST00000215855 867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 NIF3L1-205ENST00000409588 1269 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 HSFY1P1-201ENST00000423928 1178 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 AL355994.1-201ENST00000424379 260 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 HIGD1A-203ENST00000430190 741 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 AL590617.2-201ENST00000432673 917 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 AC012362.1-201ENST00000434906 739 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 AC079112.1-201ENST00000454972 939 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 SLC45A2-204ENST00000509381 1040 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 NDUFC2-204ENST00000528164 561 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 AC091891.1-201ENST00000560688 688 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 AL031282.1-201ENST00000577672 409 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL9A1P20849 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 TXNRD2-214ENST00000491939 2238 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL9A1P20849 MRPL37P1-201ENST00000592451 1337 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms