Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
LIG1P18858 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
LIG1P18858 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
LIG1P18858 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
LIG1P18858 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
LIG1P18858 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIG1P18858 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIG1P18858 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIG1P18858 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIG1P18858 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIG1P18858 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIG1P18858 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.88
LIG1P18858 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.88
LIG1P18858 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
LIG1P18858 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
LIG1P18858 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
LIG1P18858 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
LIG1P18858 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIG1P18858 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIG1P18858 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
LIG1P18858 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIG1P18858 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIG1P18858 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
LIG1P18858 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
LIG1P18858 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIG1P18858 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIG1P18858 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIG1P18858 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIG1P18858 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIG1P18858 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIG1P18858 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIG1P18858 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIG1P18858 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIG1P18858 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
LIG1P18858 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
LIG1P18858 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
LIG1P18858 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIG1P18858 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
LIG1P18858 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIG1P18858 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIG1P18858 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIG1P18858 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIG1P18858 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
LIG1P18858 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
LIG1P18858 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
LIG1P18858 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
LIG1P18858 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIG1P18858 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIG1P18858 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIG1P18858 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIG1P18858 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIG1P18858 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIG1P18858 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIG1P18858 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIG1P18858 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIG1P18858 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIG1P18858 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIG1P18858 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
LIG1P18858 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIG1P18858 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIG1P18858 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIG1P18858 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIG1P18858 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
LIG1P18858 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIG1P18858 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIG1P18858 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIG1P18858 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIG1P18858 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIG1P18858 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIG1P18858 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
LIG1P18858 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIG1P18858 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIG1P18858 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIG1P18858 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIG1P18858 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIG1P18858 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIG1P18858 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIG1P18858 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIG1P18858 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIG1P18858 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
LIG1P18858 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
LIG1P18858 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
LIG1P18858 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
LIG1P18858 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC26.7■■□□□ 1.87
LIG1P18858 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIG1P18858 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIG1P18858 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIG1P18858 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIG1P18858 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIG1P18858 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIG1P18858 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG1P18858 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG1P18858 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG1P18858 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG1P18858 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG1P18858 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG1P18858 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG1P18858 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG1P18858 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIG1P18858 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms