Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 MAGEC1-202ENST00000406005 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC008378.1-201ENST00000521251 496 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 SLC8B1-206ENST00000549069 1058 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC243829.4-204ENST00000616926 1115 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 C21orf33-201ENST00000291577 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 SEPT11-206ENST00000505788 2079 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 IQCF5-AS1-201ENST00000440723 2000 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ROPN1-203ENST00000459660 1909 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 ZC2HC1C-201ENST00000238686 2249 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 MGMT-201ENST00000306010 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 SLC47A1-203ENST00000436810 1719 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 FOLH1-202ENST00000340334 2697 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 SS18L2-201ENST00000011691 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 LINC00824-206ENST00000523173 920 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 LINC02298-201ENST00000546968 965 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 TBRG4-201ENST00000258770 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
LHX3Q9UBR4 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 PIP4K2A-206ENST00000545335 1436 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 FOXH1-201ENST00000377317 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ADD1-205ENST00000398125 4079 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 BMI1-201ENST00000376663 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 KCNQ1DN-201ENST00000441418 1093 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AP003068.1-201ENST00000528887 544 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LHX3Q9UBR4 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms