Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 OCEL1-201ENST00000215061 1133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 SLURP2-201ENST00000317543 599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 VSIG2-201ENST00000326621 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 DUSP13-202ENST00000372700 781 ntTSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 RAB1A-201ENST00000398529 1198 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 PSTK-202ENST00000405485 1047 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 HSPB1P2-201ENST00000448722 546 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 AC136428.1-201ENST00000569103 349 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 AC110285.1-205ENST00000572301 559 ntTSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 MIR4722-201ENST00000578292 60 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 LGALS3BP-202ENST00000585407 936 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 SCN1B-204ENST00000596348 1176 ntTSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 C1orf43-202ENST00000362076 1551 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 HLA-DQB1-205ENST00000434651 1642 ntAPPRIS P1 BASIC19.69■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 ROPN1-203ENST00000459660 1909 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 AL023775.1-201ENST00000454907 1746 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 CBS-202ENST00000359624 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 CBSL-203ENST00000618024 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 TSPO-201ENST00000329563 955 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 ANAPC11-202ENST00000357385 881 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 PTPA-218ENST00000435132 618 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 AC244250.1-201ENST00000438185 451 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 AC129492.3-201ENST00000498285 460 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 ANAPC13-205ENST00000511751 896 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 NIP7-208ENST00000569637 1099 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 LRRC37A6P-204ENST00000575554 573 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 AC021594.1-201ENST00000587174 636 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 CENPBD1P1-204ENST00000487264 1308 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 AC110813.1-201ENST00000507934 2209 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 SNUPN-206ENST00000564675 1682 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 AL162231.1-201ENST00000421828 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 ATP6V1F-201ENST00000249289 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 BATF-201ENST00000286639 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 SLC25A26-201ENST00000336733 1023 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 PPIE-203ENST00000372830 1198 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 AC012506.3-201ENST00000415245 892 ntTSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 TMEM107-203ENST00000431792 455 ntTSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 LINC01806-201ENST00000436506 765 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 POM121L10P-201ENST00000436994 1285 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 ZNF789-204ENST00000448667 1055 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 RN7SL769P-201ENST00000469386 295 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 GDNF-AS1-201ENST00000503382 604 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 TNNT1-203ENST00000536926 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 RPL28-208ENST00000559463 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 MIR3619-201ENST00000579667 83 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 ENPP7P14-201ENST00000621765 1040 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 SIGLEC10-205ENST00000439889 2126 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 CHRNG-202ENST00000389494 2262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 KRT8P19-201ENST00000551916 1455 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 PKP4-AS1-203ENST00000629904 1951 ntTSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CCDC87Q9NVE4 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.9 ms