Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 KRT8P14-201ENST00000414254 1442 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AL158070.2-201ENST00000623713 1621 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 SLC22A6-203ENST00000421062 1560 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AHCYP2-201ENST00000430630 1300 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC099850.1-201ENST00000451775 1338 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 CBY1-201ENST00000216029 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 BST2-201ENST00000252593 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 IGLV4-69-201ENST00000390282 419 ntAPPRIS P1 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 MB-205ENST00000406324 582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 CLRN2-201ENST00000511148 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC126768.2-201ENST00000511693 718 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 C1RL-212ENST00000545337 813 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC011510.1-201ENST00000598541 286 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 CCL5-202ENST00000605140 1244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 SPATA21-206ENST00000612240 603 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC138951.2-201ENST00000623455 1161 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC005329.1-201ENST00000501448 3571 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 ANXA8L1-208ENST00000622769 1861 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 SPINT1-202ENST00000562057 2456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 DZIP1L-204ENST00000469243 2107 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 PDGFRL-203ENST00000541323 1905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 CTHRC1-201ENST00000330295 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AL356489.1-201ENST00000449144 1144 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 RPL13AP20-201ENST00000459725 609 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 LINC02279-201ENST00000553435 737 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 LINC00623-205ENST00000621058 767 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC092506.1-204ENST00000634888 1066 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC114737.3-201ENST00000636708 570 ntTSL 4 BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 PGAP2-205ENST00000396993 1566 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 MAGEA9-201ENST00000243314 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 CTNNBL1-209ENST00000621317 1990 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 RAPSN-203ENST00000524487 1462 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 RHD-206ENST00000423810 1637 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 HS6ST2-201ENST00000370833 1938 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 HEBP1-201ENST00000014930 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 DBNDD2-201ENST00000357275 1036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 C1orf43-205ENST00000368519 1163 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 PFDN6-202ENST00000374607 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 PFDN6-203ENST00000374610 521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 CRYAA-202ENST00000398132 826 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 AC078785.1-201ENST00000496389 734 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 PFN2-215ENST00000497148 743 ntTSL 4 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
TRIM28Q13263 BLOC1S1-205ENST00000551926 531 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.9 ms