Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 NUMA1-231ENST00000546131 280 ntAPPRIS ALT2 TSL 513.85□□□□□ -0.194e-6■■■■■ 103
SF3B1O75533 NUMA1-209ENST00000535111 582 ntAPPRIS ALT2 TSL 313.76□□□□□ -0.214e-6■■■■■ 103
SF3B1O75533 NUMA1-226ENST00000543937 911 ntAPPRIS ALT2 TSL 513.51□□□□□ -0.254e-6■■■■■ 103
SF3B1O75533 NUMA1-218ENST00000540843 1969 ntTSL 212.75□□□□□ -0.374e-6■■■■■ 103
SF3B1O75533 NUMA1-222ENST00000541719 583 ntAPPRIS ALT2 TSL 512.14□□□□□ -0.474e-6■■■■■ 103
SF3B1O75533 NUMA1-221ENST00000541641 589 ntAPPRIS ALT2 TSL 511.94□□□□□ -0.54e-6■■■■■ 103
SF3B1O75533 NUMA1-204ENST00000368959 583 ntAPPRIS ALT2 TSL 311.11□□□□□ -0.634e-6■■■■■ 103
SF3B1O75533 NUMA1-214ENST00000537905 598 ntTSL 310.64□□□□□ -0.714e-6■■■■■ 103
SF3B1O75533 R3HDM4-207ENST00000591829 823 ntTSL 514.95□□□□□ -0.024e-7■■■■■ 102.9
SF3B1O75533 TPGS2-210ENST00000590258 2679 ntTSL 210.33□□□□□ -0.766e-6■■■■■ 102.9
SF3B1O75533 ANKRD11-210ENST00000566858 580 ntTSL 417.62■□□□□ 0.415e-7■■■■■ 102.9
SF3B1O75533 ANKRD11-208ENST00000563291 593 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.15e-7■■■■■ 102.9
SF3B1O75533 SLC22A23-211ENST00000496753 561 ntTSL 413.03□□□□□ -0.323e-6■■■■■ 102.9
SF3B1O75533 CCDC91-205ENST00000536442 1301 ntTSL 520.57■□□□□ 0.882e-6■■■■■ 102.9
SF3B1O75533 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.862e-6■■■■■ 102.9
SF3B1O75533 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.572e-6■■■■■ 102.9
SF3B1O75533 CCDC91-203ENST00000535520 1626 ntTSL 25.9□□□□□ -1.472e-6■■■■■ 102.9
SF3B1O75533 PPP6R3-215ENST00000528635 538 ntTSL 417.2■□□□□ 0.343e-6■■■■■ 102.9
SF3B1O75533 PPP6R3-217ENST00000529344 603 ntTSL 417.2■□□□□ 0.343e-6■■■■■ 102.9
SF3B1O75533 PPP6R3-220ENST00000530427 560 ntTSL 512.3□□□□□ -0.443e-6■■■■■ 102.9
SF3B1O75533 PPP6R3-219ENST00000529907 826 ntTSL 510.74□□□□□ -0.693e-6■■■■■ 102.9
SF3B1O75533 PPP6R3-224ENST00000533127 551 ntTSL 410.74□□□□□ -0.693e-6■■■■■ 102.9
SF3B1O75533 ST7-227ENST00000489293 904 ntTSL 1 (best)8.99□□□□□ -0.972e-6■■■■■ 102.9
SF3B1O75533 SPRED2-201ENST00000356388 4097 ntTSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.383e-6■■■■■ 102.8
SF3B1O75533 GYG2-202ENST00000381157 731 ntTSL 1 (best)13.64□□□□□ -0.237e-6■■■■■ 102.8
SF3B1O75533 GYG2-209ENST00000639373 2900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.84□□□□□ -0.837e-6■■■■■ 102.8
SF3B1O75533 FRYL-202ENST00000358350 11706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.89□□□□□ -1.313e-6■■■■■ 102.8
SF3B1O75533 ST7-228ENST00000490039 1689 ntTSL 57.56□□□□□ -1.22e-6■■■■■ 102.7
SF3B1O75533 PARVB-202ENST00000402876 560 ntTSL 1 (best)20.62■□□□□ 0.893e-6■■■■■ 102.7
SF3B1O75533 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.293e-6■■■■■ 102.7
SF3B1O75533 PARVB-201ENST00000338758 5429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.063e-6■■■■■ 102.7
SF3B1O75533 ABCF1-202ENST00000376545 3131 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.01□□□□□ -0.652e-6■■■■■ 102.7
SF3B1O75533 ABCF1-201ENST00000326195 3481 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.51□□□□□ -0.732e-6■■■■■ 102.7
SF3B1O75533 KNOP1-201ENST00000219837 6432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.612e-6■■■■■ 102.6
SF3B1O75533 ATG13-223ENST00000577256 613 ntTSL 419.25■□□□□ 0.672e-6■■■■■ 102.6
SF3B1O75533 ATG13-224ENST00000578626 587 ntTSL 519.25■□□□□ 0.672e-6■■■■■ 102.6
SF3B1O75533 ATG13-228ENST00000581438 619 ntTSL 319.08■□□□□ 0.652e-6■■■■■ 102.6
SF3B1O75533 ATG13-230ENST00000583249 544 ntTSL 519.08■□□□□ 0.652e-6■■■■■ 102.6
SF3B1O75533 ATG13-226ENST00000580238 624 ntTSL 418.26■□□□□ 0.512e-6■■■■■ 102.6
SF3B1O75533 ATG13-229ENST00000582547 600 ntTSL 417.68■□□□□ 0.422e-6■■■■■ 102.6
SF3B1O75533 ATG13-227ENST00000581416 741 ntTSL 317.39■□□□□ 0.372e-6■■■■■ 102.6
SF3B1O75533 ATG13-221ENST00000533325 1021 ntTSL 513.78□□□□□ -0.22e-6■■■■■ 102.6
SF3B1O75533 KAT6A-208ENST00000485568 3592 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.51□□□□□ -0.894e-6■■■■■ 102.6
SF3B1O75533 BCOR-201ENST00000342274 6390 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC10.44□□□□□ -0.743e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 BCOR-203ENST00000378455 6338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.21□□□□□ -0.943e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.755e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 EHMT1-202ENST00000460486 818 ntTSL 518.65■□□□□ 0.582e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 GTSE1-203ENST00000479645 1111 ntTSL 1 (best)18.35■□□□□ 0.533e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.522e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.482e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.375e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 GTSE1-202ENST00000466510 1330 ntTSL 1 (best)17.06■□□□□ 0.323e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 DUS3L-204ENST00000589085 2301 ntTSL 515.48■□□□□ 0.072e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 LIN54-201ENST00000340417 6127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.245e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 LIN54-210ENST00000510877 4507 ntTSL 1 (best)13.49□□□□□ -0.255e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 LIN54-206ENST00000506560 2757 ntTSL 1 (best) BASIC12.52□□□□□ -0.415e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 EHMT1-215ENST00000492232 710 ntTSL 312.38□□□□□ -0.432e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 GTSE1-201ENST00000454366 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.18□□□□□ -0.623e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 LIN54-207ENST00000508171 2684 ntTSL 1 (best)11.18□□□□□ -0.625e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 LIN54-203ENST00000446851 4083 ntTSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.645e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 LIN54-202ENST00000442461 4254 ntTSL 1 (best) BASIC10.39□□□□□ -0.755e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 LCP2-210ENST00000628092 2421 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC10.16□□□□□ -0.785e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 TTBK2-206ENST00000567485 437 ntTSL 27.45□□□□□ -1.226e-7■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 LCP2-201ENST00000046794 4678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC6.89□□□□□ -1.315e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 FER-205ENST00000505323 806 ntTSL 36.14□□□□□ -1.433e-6■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 CAMSAP1-207ENST00000483991 4342 ntTSL 210.77□□□□□ -0.694e-7■■■■■ 102.5
SF3B1O75533 SPRED2-205ENST00000440972 555 ntTSL 314.22□□□□□ -0.132e-6■■■■■ 102.4
SF3B1O75533 R3HDM1-215ENST00000483021 539 ntTSL 321.52■■□□□ 1.033e-6■■■■■ 102.4
SF3B1O75533 R3HDM1-213ENST00000463230 2241 ntTSL 214.26□□□□□ -0.133e-6■■■■■ 102.4
SF3B1O75533 R3HDM1-208ENST00000438014 582 ntTSL 59.2□□□□□ -0.943e-6■■■■■ 102.4
SF3B1O75533 RNF213-220ENST00000582970 21055 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC7.08□□□□□ -1.284e-6■■■■■ 102.4
SF3B1O75533 RNF213-204ENST00000508628 17730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.91□□□□□ -1.464e-6■■■■■ 102.4
SF3B1O75533 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.033e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.423e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 ZNF783-204ENST00000481519 1929 ntTSL 216.98■□□□□ 0.312e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 WDR1-210ENST00000506246 572 ntTSL 516.96■□□□□ 0.312e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.183e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 CRELD1-204ENST00000414117 723 ntTSL 516.08■□□□□ 0.162e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 NFYC-215ENST00000456393 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.13e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 UHRF1BP1-202ENST00000452449 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.032e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 TMEM94-213ENST00000580416 430 ntTSL 414.32□□□□□ -0.126e-7■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 ZNF783-202ENST00000434415 4452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.162e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 C1orf132-202ENST00000487977 3197 ntTSL 213.44□□□□□ -0.262e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 TMEM94-218ENST00000581252 522 ntTSL 512.91□□□□□ -0.346e-7■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 WWP2-202ENST00000359154 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.362e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 NFYC-211ENST00000427410 1379 ntTSL 2 BASIC11.38□□□□□ -0.593e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 NFYC-213ENST00000447388 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.28□□□□□ -0.763e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 WWP2-216ENST00000569174 2474 ntTSL 5 BASIC10.25□□□□□ -0.772e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 GRB10-203ENST00000398810 4785 ntTSL 1 (best) BASIC9.83□□□□□ -0.843e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 ASXL2-202ENST00000404843 3299 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.82□□□□□ -0.842e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 UHRF1BP1-201ENST00000192788 9570 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.72□□□□□ -0.852e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 GRB10-207ENST00000402578 4760 ntTSL 1 (best) BASIC8.49□□□□□ -1.053e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 RAD51AP1-205ENST00000535558 1333 ntTSL 27.19□□□□□ -1.262e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 RAD51AP1-211ENST00000544110 567 ntTSL 45.94□□□□□ -1.462e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 RAD51AP1-208ENST00000536886 841 ntTSL 55.24□□□□□ -1.572e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 RAD51AP1-202ENST00000352618 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.2□□□□□ -1.582e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 RAD51AP1-213ENST00000544927 787 ntTSL 4 BASIC5.05□□□□□ -1.62e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 RAD51AP1-203ENST00000398012 1036 ntTSL 25.04□□□□□ -1.62e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 RAD51AP1-201ENST00000228843 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.27□□□□□ -1.732e-6■■■■■ 102.3
SF3B1O75533 RAD51AP1-204ENST00000442992 2235 ntTSL 54.06□□□□□ -1.762e-6■■■■■ 102.3
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1598.2 ms