Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 SLC5A7-201ENST00000264047 5152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 SIK1-201ENST00000270162 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 CU639417.2-201ENST00000613488 4705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 CASR-202ENST00000498619 5009 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 AC006058.4-201ENST00000624016 1670 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 NFIC-202ENST00000395111 1755 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 EIF4G1-203ENST00000350481 4990 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 MKNK2-201ENST00000250896 3774 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 NR2E3-204ENST00000621736 2032 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 CENPT-202ENST00000440851 2200 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 NTRK3-202ENST00000355254 2938 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 CARNMT1-202ENST00000376834 4130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 HGNC:18790-202ENST00000421177 4172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 ARL8B-208ENST00000611208 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 RUFY2-204ENST00000399200 2685 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 RASGEF1C-206ENST00000522500 2055 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 AC112693.3-201ENST00000624819 1983 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 PAQR8-202ENST00000442253 4738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 ZP3-201ENST00000336517 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 SPDYE17-201ENST00000412399 783 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 MUTYH-209ENST00000448481 1706 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 CYP2R1-207ENST00000532378 1746 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 TAOK3-201ENST00000392533 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 POLR3D-202ENST00000397802 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 RASA1-201ENST00000274376 3752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 PAK6-203ENST00000542403 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 KRT8-205ENST00000546897 1755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 HSP90B1-201ENST00000299767 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 TRPC4AP-201ENST00000252015 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 CCDC187-205ENST00000638797 10126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 PHRF1-203ENST00000416188 5227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 TBC1D25-201ENST00000376771 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 TMEM239-202ENST00000380585 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS29Q9UBQ0 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms