Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 SLC5A2-201ENST00000330498 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 OSTF1-201ENST00000346234 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 NRG1-202ENST00000356819 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 FAM169B-201ENST00000332908 579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 PPP1R14B-202ENST00000392210 600 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AL157834.2-201ENST00000451737 663 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AP000552.1-208ENST00000452952 576 ntTSL 4 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AC090099.4-201ENST00000527671 1027 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AC091271.1-201ENST00000611877 1162 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 KLC1-207ENST00000445352 2416 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AC099850.1-201ENST00000451775 1338 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 SLIT1-204ENST00000371070 4564 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 CHST10-201ENST00000264249 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 RUFY2-202ENST00000342616 983 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 ATP5D-202ENST00000395633 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 BAATP1-201ENST00000412284 1225 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AC016694.1-201ENST00000434179 700 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AC019205.2-201ENST00000442007 1083 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 DMKN-216ENST00000458071 510 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 PGAP2-209ENST00000464261 830 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AC115284.1-201ENST00000488257 547 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AP002748.3-205ENST00000525142 567 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AC116456.1-201ENST00000526646 815 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AP002748.3-203ENST00000533502 581 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 LINC02299-201ENST00000556669 430 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 DERL2-202ENST00000570848 657 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 ARL16-210ENST00000574938 751 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AC024619.2-201ENST00000581964 517 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AC006449.3-201ENST00000620144 563 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AC005786.4-201ENST00000623369 682 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 OGDH-204ENST00000443864 1744 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
LIMD1Q9UGP4 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms