Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 AL161670.2-201ENST00000557650 1227 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
SCAPERQ9BY12 COMMD4-211ENST00000564815 639 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCAPERQ9BY12 C15orf40-211ENST00000565712 559 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCAPERQ9BY12 AL353726.2-201ENST00000623259 884 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
SCAPERQ9BY12 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCAPERQ9BY12 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCAPERQ9BY12 UBXN11-207ENST00000374223 1312 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCAPERQ9BY12 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCAPERQ9BY12 UGGT2-204ENST00000397618 1547 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCAPERQ9BY12 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCAPERQ9BY12 ROPN1-203ENST00000459660 1909 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCAPERQ9BY12 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCAPERQ9BY12 AP1M1-202ENST00000429941 1578 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCAPERQ9BY12 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCAPERQ9BY12 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCAPERQ9BY12 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCAPERQ9BY12 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 ANKDD1A-203ENST00000395723 1250 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 AC104784.1-201ENST00000473096 294 ntBASIC23.33■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 CHRFAM7A-203ENST00000401522 1913 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 PLCXD2-204ENST00000477665 1721 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 EHF-212ENST00000533754 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 GSDMA-203ENST00000635792 1546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 ICAM2-201ENST00000412356 1334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 DNASE1L2-204ENST00000567494 1301 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 FGF1-201ENST00000337706 1469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 TMEM40-201ENST00000264728 984 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 DPCD-202ENST00000370151 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 LYPLA2-202ENST00000374502 1072 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 GATD1-203ENST00000397472 790 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 AL355334.1-201ENST00000417713 215 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 AC099552.2-201ENST00000418523 456 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 AL591684.1-201ENST00000434533 234 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 AC011742.3-201ENST00000439053 820 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 AL136982.2-201ENST00000451760 234 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 AC113192.2-201ENST00000525320 308 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 LINC00116-203ENST00000611969 441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 KRT8P29-201ENST00000420409 1371 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 IL27-201ENST00000356897 1044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 TPD52L2-207ENST00000369927 1094 ntTSL 4 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 IYD-204ENST00000392255 1180 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 CD8B-204ENST00000393759 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 AC007952.2-201ENST00000399091 1176 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 LBH-202ENST00000401506 485 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 AC131097.2-203ENST00000401641 507 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 LSM5-207ENST00000410044 687 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 NREP-204ENST00000419114 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 CDRT15-201ENST00000420162 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 MYO16-AS1-201ENST00000439299 580 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 AC234782.1-201ENST00000451950 919 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 LILRA5-204ENST00000486742 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 AC025154.2-203ENST00000550214 1031 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 MIR3147-201ENST00000577811 66 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 CKMT1A-208ENST00000626814 1073 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 C6orf52-201ENST00000259983 619 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 FRMD3-202ENST00000328788 964 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 SPDYE4-201ENST00000328794 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 APRT-201ENST00000378364 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 STX1A-202ENST00000395154 1022 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 VAMP8-203ENST00000432071 664 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 AL596276.2-201ENST00000447525 331 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 AC012618.1-201ENST00000461223 412 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 TMEM14B-210ENST00000473276 730 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 CLDN11-207ENST00000486975 1139 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 AC023824.4-202ENST00000569557 849 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 NAT9-212ENST00000581136 1011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCAPERQ9BY12 BNIP3P13-201ENST00000599968 566 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms