Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 PSME1-202ENST00000382708 1136 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AL157392.3-216ENST00000437446 462 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 UPF3AP2-201ENST00000457924 1132 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 EIF3M-203ENST00000524896 1207 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CKMT1A-208ENST00000626814 1073 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC092506.1-204ENST00000634888 1066 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CENPBD1P1-204ENST00000487264 1308 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 DYNC1LI2-203ENST00000443351 1502 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 BX088651.4-201ENST00000435586 2579 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 C1orf43-202ENST00000362076 1551 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 ELMO3-203ENST00000477898 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 PKP4-AS1-203ENST00000629904 1951 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 IFITM5-201ENST00000382614 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 FNTAP2-201ENST00000430308 634 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC106786.1-201ENST00000442777 792 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CATSPERZ-203ENST00000539943 917 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC079328.1-201ENST00000560358 952 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC011474.2-201ENST00000579268 543 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 MFSD11-218ENST00000591864 446 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 EYA2-208ENST00000497062 2384 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 PDHB-206ENST00000474765 1503 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 TRIM39-205ENST00000396551 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 EIF3G-201ENST00000253108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 YIPF7-201ENST00000332990 937 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 PFDN6-202ENST00000374607 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 PFDN6-203ENST00000374610 521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC010745.3-201ENST00000439745 415 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CR769775.1-201ENST00000443347 931 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 MRPS25-203ENST00000444840 1281 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 PCOLCE2-208ENST00000485766 1088 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 LEF1-AS1-204ENST00000508266 559 ntTSL 4 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 COG4-212ENST00000564653 590 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC110285.3-201ENST00000574472 665 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC068152.1-201ENST00000575930 685 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 RN7SL48P-201ENST00000579283 293 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 HTR4-209ENST00000521530 1323 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 TRPM2-AS-202ENST00000456880 2056 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 LINC00658-202ENST00000420529 1542 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 SFTA3-204ENST00000518529 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CHRFAM7A-203ENST00000401522 1913 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CLMAT3-201ENST00000510576 1973 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 FAM27C-201ENST00000377542 616 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 TXNRD3NB-202ENST00000383572 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 KLK8-204ENST00000391806 1051 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 SEPT12-202ENST00000396693 1156 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CRYAA-202ENST00000398132 826 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 TMEM107-203ENST00000431792 455 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 LYPLAL1-AS1-201ENST00000441331 724 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 TCEAL4-208ENST00000472484 1273 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 KRBOX4-206ENST00000478600 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC100858.3-202ENST00000533496 553 ntTSL 4 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 FP236240.1-204ENST00000624932 712 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 HMBS-216ENST00000543090 1347 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CALCOCO2-211ENST00000508679 1396 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 LRRC59-203ENST00000576448 1531 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CHRNG-202ENST00000389494 2262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 CMA1-202ENST00000250378 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AKIP1-201ENST00000299576 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 ITPA-202ENST00000399838 897 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 HINT2P1-201ENST00000419438 481 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 HIST2H2BB-201ENST00000449108 381 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 SSTR5-AS1-201ENST00000565992 575 ntTSL 4 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 AC138649.2-201ENST00000615886 705 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
SCN9AQ15858 ENPP7P14-201ENST00000621765 1040 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
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