Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 LINC01121-201ENST00000378479 1095 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 RCOR3-203ENST00000419091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 MCF2L2-201ENST00000328913 4980 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 ZNF252P-AS1-201ENST00000527067 3236 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 RASA1-201ENST00000274376 3752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 GIGYF1-201ENST00000275732 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 UBAC2-202ENST00000376440 2525 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TFAP2B-202ENST00000393655 5773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 RNF25-201ENST00000295704 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AL136988.1-201ENST00000414640 1029 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 EPHA5-202ENST00000354839 3427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 NRCAM-217ENST00000613830 3025 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 LINC01136-203ENST00000457348 2539 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ATG9B-212ENST00000639579 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 STAU2-219ENST00000522509 2173 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ZBTB37-203ENST00000367704 2323 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 COX11-201ENST00000299335 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SDC1P18827 RBM12-201ENST00000359646 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ASTN2-201ENST00000288520 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 FBXO45-202ENST00000440469 3689 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TMEM30A-201ENST00000230461 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 DEGS1-201ENST00000323699 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 DCBLD1-202ENST00000338728 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 YY1AP1-201ENST00000295566 2626 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 DMTN-202ENST00000358242 2772 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CNKSR1-201ENST00000361530 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AL035460.1-201ENST00000380593 1866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ADD2-208ENST00000430656 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 362 ms