Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 COX4I1-201ENST00000253452 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 IGF1-201ENST00000307046 1097 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ZNRD1-201ENST00000332435 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PEA15-203ENST00000368077 1021 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 IGF1-203ENST00000392904 761 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AC016700.1-201ENST00000429424 312 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PGAP2-214ENST00000465307 1100 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 LEF1-AS1-204ENST00000508266 559 ntTSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 DIO3OS-203ENST00000554441 1068 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 NIP7-208ENST00000569637 1099 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 NAT9-222ENST00000583476 583 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AC092634.5-202ENST00000587736 928 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CNN1-202ENST00000535659 1527 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PSME1-201ENST00000206451 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 RPL39L-201ENST00000296277 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 NFYC-202ENST00000372651 1202 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 DKFZp779M0652-201ENST00000378779 649 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SEPT12-202ENST00000396693 1156 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 MPV17-204ENST00000399052 749 ntTSL 4 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CD8A-204ENST00000409781 597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 DEF8-202ENST00000418391 852 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AL355483.2-201ENST00000421637 675 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AC091390.4-201ENST00000484974 491 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 LINC02449-203ENST00000536034 451 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CYBA-208ENST00000567174 1085 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AC090386.1-202ENST00000586610 469 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 KLK3-207ENST00000595952 969 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SIRT2-219ENST00000613542 1170 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 Metazoa_SRP.69-201ENST00000615730 281 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ETV2-208ENST00000621247 941 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 TPRX1-201ENST00000322175 1924 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 TMEM254-204ENST00000372277 366 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 GABARAPL2-201ENST00000037243 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 HLA-DQB2-229ENST00000411527 1059 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CYP46A4P-201ENST00000414953 267 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 RN7SL720P-201ENST00000488178 304 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AC078785.1-201ENST00000496389 734 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 UCHL1-207ENST00000508768 827 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 EIF3M-203ENST00000524896 1207 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 RPL28-208ENST00000559463 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AC011474.2-201ENST00000579268 543 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AC021594.1-201ENST00000587174 636 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.7 ms