Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 ADGRA1-203ENST00000607359 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 TFPI2-201ENST00000222543 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 PHB-201ENST00000300408 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 TMEM132D-202ENST00000422113 5776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 SYBU-219ENST00000528647 2995 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 SLCO5A1-201ENST00000260126 9076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 OGFRL1-201ENST00000370435 8391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 CNPY4-201ENST00000262932 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
ATG4BQ9Y4P1 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 HIST3H2BA-201ENST00000436555 524 ntBASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 IQCF5-AS1-201ENST00000440723 2000 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 FAM156B-202ENST00000509613 1701 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 N4BP1-201ENST00000262384 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
ATG4BQ9Y4P1 MIR137HG-202ENST00000424528 2639 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.2 ms