Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ACE-202ENST00000290866 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 MAGEA2B-201ENST00000331220 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 MIR658-201ENST00000385210 100 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC004987.2-201ENST00000395959 1148 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 IL32-215ENST00000529550 772 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC008969.1-205ENST00000553254 876 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 NAA38-206ENST00000576384 424 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC244517.11-204ENST00000624424 760 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC004233.2-201ENST00000573315 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC136759.1-201ENST00000534201 2163 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ASXL1-210ENST00000613218 7038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TPD52L2-209ENST00000611972 2197 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TOPAZ1-201ENST00000309765 5334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TOMM70-201ENST00000284320 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 MXI1-205ENST00000393134 889 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC083973.1-206ENST00000518213 815 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 NFATC4-211ENST00000554344 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC005520.2-201ENST00000556194 573 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ELOF1-208ENST00000591912 899 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 Six3os1_5.1-201ENST00000611000 271 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ZNF805-201ENST00000354309 2396 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms