Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 GRK5-202ENST00000392870 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PDE8B-201ENST00000264917 5956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TDRP-205ENST00000613071 3421 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 FAM160B1-203ENST00000369250 2870 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CACNA2D2-203ENST00000423994 5329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TOM1-209ENST00000447733 2317 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 COL17A1-202ENST00000369733 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TNFRSF14-AS1-201ENST00000416860 3522 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SDC1P18827 SPAG6-201ENST00000313311 2421 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PLAGL1-208ENST00000437412 2640 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AP000439.3-201ENST00000545202 2376 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 MIER1-208ENST00000401041 2552 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PDE8B-204ENST00000342343 2677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 MAGI1-216ENST00000497477 3555 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AC127383.1-201ENST00000444697 1800 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 EIF4A1-201ENST00000293831 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SDC1P18827 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 GARS-201ENST00000389266 2634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TXNDC2-206ENST00000611534 2066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 FOXI2-201ENST00000388920 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 EIF4G3-205ENST00000400422 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 MLF1-206ENST00000471745 1266 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SDC1P18827 MLLT10-203ENST00000377072 5126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.9 ms