Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
USP53Q70EK8 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SLC22A12-205ENST00000473690 2522 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 GIGYF1-201ENST00000275732 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 WDR81-202ENST00000409644 6733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 MFAP2-201ENST00000375534 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 MAGEC1-202ENST00000406005 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ZFAND2B-203ENST00000409206 1159 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CC2D2B-203ENST00000423344 1241 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SIGLEC10-205ENST00000439889 2126 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 DCTD-213ENST00000510370 794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC016727.1-204ENST00000578974 420 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TMEM205-208ENST00000587948 688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TMEM205-211ENST00000589555 788 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 NR6A1-205ENST00000487099 7031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 SLC9A6-203ENST00000370701 4755 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 VCX3B-202ENST00000381032 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 MIR1909-201ENST00000411312 80 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC098850.1-201ENST00000419919 790 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 KRBOX4-207ENST00000487081 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 ZFPL1-207ENST00000526791 384 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 GNG2-209ENST00000555472 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP53Q70EK8 RAB43P1-201ENST00000561790 589 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 118.3 ms