Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ZNF711-201ENST00000276123 2887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TRABD-202ENST00000380909 2272 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TMEM256-201ENST00000302422 486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 DYNLRB2-201ENST00000305904 497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 CSH2-201ENST00000336844 1173 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 CSH2-202ENST00000345366 598 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 HIST2H2AA3-201ENST00000369159 549 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TCEAL1-203ENST00000372626 721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 VCPKMT-201ENST00000395859 795 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ARL16-201ENST00000397498 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 MIR1202-201ENST00000408529 83 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AL355102.5-201ENST00000554769 572 ntTSL 4 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 CHMP4BP1-201ENST00000556017 588 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AC008743.1-201ENST00000596350 813 ntTSL 4 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 NDUFV2P1-201ENST00000596415 907 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 SPATA21-206ENST00000612240 603 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ARL16-214ENST00000621051 1181 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 LEF1-216ENST00000510624 1472 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 PTPA-217ENST00000434095 870 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 DGCR5-204ENST00000440005 1299 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TSACC-208ENST00000481479 741 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 CYBA-208ENST00000567174 1085 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 CCDC144NL-AS1-209ENST00000577860 884 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 FAAP24-204ENST00000590179 784 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 KLK3-207ENST00000595952 969 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AL096828.3-201ENST00000615354 462 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A14-201ENST00000240095 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 SOCS7-201ENST00000612932 7857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 MRPL34-201ENST00000252602 968 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 SPAG11A-203ENST00000351436 534 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 SPAG11B-204ENST00000361111 534 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 MIR33B-201ENST00000385104 96 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 DLGAP4-AS1-202ENST00000433238 593 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 PTPA-218ENST00000435132 618 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 SEPT7P2-209ENST00000450436 601 ntTSL 4 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AC245884.6-201ENST00000515672 1067 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 AL451050.2-201ENST00000606967 682 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC9Q9Y3X0 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 LINGO1-204ENST00000561030 2677 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 110.2 ms