Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 MSTO2P-201ENST00000314835 1709 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 PDE6D-201ENST00000287600 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 MDM2-215ENST00000428863 1037 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 FAM25G-201ENST00000452267 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 AC093904.1-201ENST00000474561 455 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 AC008115.1-201ENST00000542291 150 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 FAM192A-212ENST00000566077 1066 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 MIR4538-201ENST00000581377 78 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 RDM1-220ENST00000616596 1032 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 RDM1-228ENST00000620284 1177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 EZR-202ENST00000367075 3096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 DHPS-201ENST00000210060 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 APOA1-204ENST00000375323 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 AC007405.2-202ENST00000418106 540 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 KCNQ1-AS1-201ENST00000440887 1084 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 STARD4-205ENST00000505803 803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 STARD4-207ENST00000509887 1186 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 ACRV1-202ENST00000527795 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 USB1-203ENST00000539737 1212 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 RORA-AS1-205ENST00000559824 761 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 AC000032.1-201ENST00000562538 491 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 AL391650.2-201ENST00000640097 941 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CHFRQ96EP1 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.6 ms