Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 BNIP1-201ENST00000231668 1339 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 MRPS22-201ENST00000310776 1120 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 ODF4-201ENST00000328248 1156 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 IGHV3-13-201ENST00000390602 430 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 U82695.1-202ENST00000428676 700 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SPTLC1P5-201ENST00000450718 252 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AC245884.1-201ENST00000457113 529 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 NSD1-211ENST00000511258 809 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AC008443.1-201ENST00000511331 1000 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CTBP2P4-201ENST00000513884 920 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 MSRB3-209ENST00000540804 884 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 PSORS1C1-206ENST00000547221 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AC073569.1-201ENST00000548469 667 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 TUBB6-213ENST00000591909 1017 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 NKG7-204ENST00000595217 816 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 MRS2-202ENST00000378353 1740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AC025271.4-201ENST00000621477 1726 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 ANKRD33-202ENST00000340970 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SLURP2-201ENST00000317543 599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 COL5A1-AS1-201ENST00000371813 336 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 ATP5D-202ENST00000395633 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AL645608.5-201ENST00000398216 443 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AP000350.4-201ENST00000433835 788 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AL139008.1-201ENST00000437894 228 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AL596276.2-201ENST00000447525 331 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AC004540.1-204ENST00000449537 727 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SRSF10-211ENST00000484146 1089 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 LINC00928-204ENST00000561201 1123 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 LRRC37A6P-204ENST00000575554 573 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 FTLP5-201ENST00000586853 534 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 NR2F2-AS1-215ENST00000620029 1223 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC16.33■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.5 ms