Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 RGS6-210ENST00000553530 5685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 POM121-203ENST00000434423 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 SPAG6-201ENST00000313311 2421 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TAF1D-203ENST00000448108 2082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 RBM14-201ENST00000310137 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 CDH7-203ENST00000536984 3766 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC023157.3-201ENST00000619086 2088 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 SLC7A4-201ENST00000382932 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 PPP2R5D-208ENST00000485511 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 DDHD2-201ENST00000397166 4921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 SLC25A45-214ENST00000534028 2432 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 LINC00391-201ENST00000433569 1844 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TMEM50A-201ENST00000374358 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 MEX3A-202ENST00000532414 6124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG1P18858 MSI2-204ENST00000442934 1624 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 REPIN1-209ENST00000479668 3182 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC006486.2-201ENST00000624246 2199 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TDRP-205ENST00000613071 3421 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 SLC47A1-203ENST00000436810 1719 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 NPY5R-203ENST00000515560 3183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 CENPT-202ENST00000440851 2200 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 CARD10-201ENST00000251973 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 CPEB2-201ENST00000259997 5612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 PCYOX1-201ENST00000264441 2959 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 EXO5-203ENST00000372703 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 MIER1-208ENST00000401041 2552 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG1P18858 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIG1P18858 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIG1P18858 PAK6-203ENST00000542403 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIG1P18858 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.2 ms