Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 MAP3K8-201ENST00000263056 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 DNAJB9-201ENST00000249356 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 CLSTN1-201ENST00000361311 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 GSN-206ENST00000394353 2311 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 NTRK3-202ENST00000355254 2938 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 WASHC2C-202ENST00000359860 4471 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
SDC1P18827 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 PRPF40B-201ENST00000261897 3602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 KLHDC2-206ENST00000554589 1641 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 MON2-213ENST00000552738 5543 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 C21orf33-201ENST00000291577 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 IL6ST-209ENST00000502326 3007 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 SEPT8-205ENST00000378701 1817 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 DOK3-203ENST00000377112 1884 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ASXL1-206ENST00000542461 1068 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ARL8B-208ENST00000611208 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 KLK10-202ENST00000358789 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 GRB2-202ENST00000316804 3248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SDC1P18827 C15orf61-201ENST00000342683 4253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SDC1P18827 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SDC1P18827 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
SDC1P18827 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SDC1P18827 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SDC1P18827 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SDC1P18827 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SDC1P18827 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SDC1P18827 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SDC1P18827 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SDC1P18827 ASAH1-249ENST00000637528 2215 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms