Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CLU-215ENST00000523500 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 KCNMA1-261ENST00000639486 8850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 RTL6-201ENST00000341255 5495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 EIF4G3-205ENST00000400422 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AL136982.4-201ENST00000437689 1740 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CHMP3Q9Y3E7 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms