Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AC120498.1-201ENST00000563593 476 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 TNNT1-212ENST00000588981 1163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 G6PD-203ENST00000393564 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 CTNNBIP1-202ENST00000377258 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 C9orf24-203ENST00000379126 496 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 PFDN6-204ENST00000395131 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 UEVLD-212ENST00000541984 755 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 KRT90P-201ENST00000549264 1064 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 PRKN-211ENST00000615065 261 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC008687.7-202ENST00000637404 953 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 HINT2P1-201ENST00000419438 481 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AL583835.2-202ENST00000421363 1104 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 BX324167.1-201ENST00000451118 805 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 LYRM4-206ENST00000468929 1168 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 RPL36-203ENST00000577222 874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 HCG18-245ENST00000602550 559 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 LINC01278-203ENST00000608788 820 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 LINC01278-207ENST00000610234 555 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 OCEL1-201ENST00000215061 1133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 CFLAR-203ENST00000341222 1283 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 NUS1P3-201ENST00000423502 862 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC005077.2-201ENST00000449786 690 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AKR7A2P1-201ENST00000460134 915 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 CHIA-209ENST00000483391 1188 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC139099.3-201ENST00000572850 472 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms