Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 LARP6-201ENST00000299213 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 GNAQ-201ENST00000286548 6539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 ZBTB10-203ENST00000430430 10132 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 PRKX-201ENST00000262848 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 SP100-205ENST00000409824 1802 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 ZHX1-201ENST00000297857 5200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 PROSER1-211ENST00000625998 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 CAMTA1-201ENST00000303635 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 GNS-201ENST00000258145 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 CYB561D1-205ENST00000430195 5077 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
SYNE3Q6ZMZ3 DCAF5-201ENST00000341516 5953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.4 ms