Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 APPL1-201ENST00000288266 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 LINC02495-201ENST00000508601 4167 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC025165.1-201ENST00000356672 2355 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ACBD5-202ENST00000375897 4173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CLASP2-203ENST00000359576 7141 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TOB2-201ENST00000327492 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CNTNAP3-202ENST00000358144 4885 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 LRRK1-201ENST00000388948 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 C9orf139-202ENST00000623196 4990 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CAMK2D-205ENST00000394524 5294 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC021683.3-202ENST00000592572 4440 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 KIAA1468-201ENST00000256858 5579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 NF2-205ENST00000361452 5884 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 DAAM2-211ENST00000633794 3871 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TTC28-AS1-207ENST00000428584 5859 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 ADAMTS2-201ENST00000251582 6754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
KLHL28Q9NXS3 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.7 ms