Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC068898.1-201ENST00000440750 335 ntTSL 3 BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 DCTD-213ENST00000510370 794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ANTXRL-205ENST00000620264 2206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AL136311.1-206ENST00000416069 899 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 PKLR-202ENST00000392414 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 CBARP-204ENST00000590083 4261 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 MYB-201ENST00000316528 3571 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 MYB-241ENST00000616088 3573 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ELFN1-AS1-202ENST00000453348 637 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ZFPL1-207ENST00000526791 384 ntTSL 3 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ACAP1-208ENST00000574499 412 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 COL23A1-202ENST00000407622 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 SIGLEC10-205ENST00000439889 2126 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 ASAP3-212ENST00000618240 2226 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 CLU-215ENST00000523500 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 SEPT8-205ENST00000378701 1817 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 C12orf10-201ENST00000267103 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
CHD3Q12873 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC13.98□□□□□ -0.17
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