Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 CCP110-201ENST00000381396 5446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MARCH4-201ENST00000273067 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 GRIN2A-201ENST00000330684 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MIR600HG-201ENST00000449175 5984 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TIMP3-201ENST00000266085 4603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 COL11A2-201ENST00000341947 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AC126755.1-201ENST00000525846 6405 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PHLDB1-223ENST00000600882 5479 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MAPK7-201ENST00000299612 2715 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ABLIM3-206ENST00000506113 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 CMKLR1-206ENST00000552995 1890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 BFSP2-201ENST00000302334 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 NLE1-202ENST00000442241 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ARHGAP5-205ENST00000433497 3047 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AC005906.2-217ENST00000639573 1711 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MAD1L1-202ENST00000399654 2762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 RGR-202ENST00000359452 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SLCO5A1-203ENST00000524945 3725 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ME2-201ENST00000321341 9415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SH2B1-201ENST00000322610 3095 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PSMD9-201ENST00000261817 2307 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MMRN2-201ENST00000372027 4375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 DMAC2-210ENST00000592922 1622 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ATP6AP2-215ENST00000636409 1962 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
VPS39Q96JC1 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms