Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 NTMT1-202ENST00000372481 741 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MIR1247-201ENST00000408206 136 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AL162726.2-201ENST00000438986 1017 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 GLYCTK-203ENST00000461183 889 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 RMDN1-212ENST00000519966 1164 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 C2orf69P2-201ENST00000562032 1123 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CR381653.1-201ENST00000622961 812 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TRABD-202ENST00000380909 2272 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 ATP5D-202ENST00000395633 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC007952.1-202ENST00000399083 1173 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MASP2-202ENST00000400898 726 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC007551.1-201ENST00000457394 519 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC036164.1-201ENST00000570544 333 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 GNRHR2-203ENST00000581100 1187 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC106017.2-201ENST00000631194 1173 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 PSMC5-209ENST00000580864 1552 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TUBB1P2-201ENST00000422712 1306 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TUBB1P1-201ENST00000503144 1300 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 DMKN-204ENST00000408915 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 NME6-203ENST00000415644 849 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AP001007.1-201ENST00000526796 645 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 NCR1-201ENST00000291890 1155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 NCR1-202ENST00000338835 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 NCR1-203ENST00000350790 739 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 LINC01121-201ENST00000378479 1095 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 LINC01067-201ENST00000432575 664 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 GEMIN4-202ENST00000437269 1182 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC003070.2-201ENST00000589730 386 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 LINC02351-201ENST00000614728 289 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.4 ms