Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 RMND1-205ENST00000622845 1484 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AC097717.1-202ENST00000457577 740 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AC008011.2-201ENST00000538113 792 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 LINC02028-216ENST00000609015 732 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 BACE1-201ENST00000313005 6326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H2AJ-201ENST00000333151 387 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 ZNF564-202ENST00000416136 255 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AC104596.1-201ENST00000507826 579 ntTSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 SELENOW-201ENST00000509570 881 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 SCGB1C2-201ENST00000595228 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 TMEM14B-220ENST00000612333 888 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 LINC02351-201ENST00000614728 289 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ITPA-201ENST00000380113 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ITPA-202ENST00000399838 897 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AL355864.2-201ENST00000447420 863 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 RMDN1-212ENST00000519966 1164 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AL583722.2-201ENST00000557223 663 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AC007333.1-201ENST00000568286 630 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 DBNDD1-206ENST00000568838 993 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AP003392.4-202ENST00000526453 1359 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 TEX13B-201ENST00000302917 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AL157373.2-201ENST00000437559 784 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 CDKN2AIP-205ENST00000510928 860 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AC090099.4-201ENST00000527671 1027 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC9Q9Y3X0 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.8 ms