Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 TEX30-202ENST00000376021 1038 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 PAPOLB-201ENST00000404991 4262 ntAPPRIS P1 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 SEPT8-205ENST00000378701 1817 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 SP100-205ENST00000409824 1802 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
VPS54Q9P1Q0 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.4 ms