Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 MAN2A2-216ENST00000559717 6704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 PSMD9-201ENST00000261817 2307 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
LIMCH1Q9UPQ0 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 PTK6-202ENST00000542869 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 NLE1-202ENST00000442241 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF764-201ENST00000252797 2738 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHA1-203ENST00000504120 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 BACE1-201ENST00000313005 6326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 RBPMS-204ENST00000397323 2941 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP5-205ENST00000433497 3047 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
LIMCH1Q9UPQ0 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.1 ms