Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 PDE6D-201ENST00000287600 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 CSF2-201ENST00000296871 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 UBE2T-201ENST00000367274 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 MFF-223ENST00000524634 647 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 BTNL10-201ENST00000595971 695 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 GPR182-203ENST00000622922 591 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 FGF6-201ENST00000228837 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 RBM24-203ENST00000425446 1034 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 IP6K1-203ENST00000460540 1260 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 C19orf53-206ENST00000593274 491 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 AC068587.10-201ENST00000641210 219 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC87Q9NVE4 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 MUC1-228ENST00000620103 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 LDLRAD1-201ENST00000371360 785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 IGLV2-23-201ENST00000390306 502 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SVIL-AS1-208ENST00000446807 1007 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 USB1-203ENST00000539737 1212 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 GSTZ1-219ENST00000557639 873 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC133550.2-201ENST00000567731 544 ntTSL 4 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 RNF167-214ENST00000576229 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 HACD3-202ENST00000442729 1332 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 RAB29-201ENST00000235932 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC87Q9NVE4 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms