Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 NAT9-210ENST00000580301 1860 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 AC068831.1-204ENST00000501381 1621 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 DMAC2-210ENST00000592922 1622 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 TLE3-212ENST00000558201 2766 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 C20orf166-AS1-201ENST00000412495 2302 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 TRABD-202ENST00000380909 2272 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 HCLS1-202ENST00000428394 1560 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 DHRS4L2-205ENST00000543805 1334 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 SIGLEC10-205ENST00000439889 2126 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 PRKCSH-217ENST00000592741 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 JADE2-202ENST00000361895 3212 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 TPD52L2-209ENST00000611972 2197 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
LHX3Q9UBR4 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms