Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 TCF20-201ENST00000335626 6237 ntTSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.584e-10■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 TCF20-202ENST00000359486 7410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.18□□□□□ -0.784e-10■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.044e-7■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.814e-7■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.754e-7■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.694e-7■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.474e-7■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 INTS11-247ENST00000540437 2629 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.364e-7■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 INTS11-201ENST00000323275 2450 ntTSL 1 (best)17.26■□□□□ 0.354e-7■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 INTS11-210ENST00000458452 2571 ntTSL 217.11■□□□□ 0.334e-7■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 INTS11-243ENST00000532772 1618 ntTSL 516.97■□□□□ 0.314e-7■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.284e-7■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 INTS11-233ENST00000527098 2004 ntTSL 216.62■□□□□ 0.254e-7■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 INTS11-204ENST00000421495 1868 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.054e-7■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 INTS11-248ENST00000545578 2263 ntTSL 2 BASIC14.78□□□□□ -0.044e-7■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 INTS11-236ENST00000528879 1524 ntTSL 514.61□□□□□ -0.074e-7■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 PDXDC2P-206ENST00000534700 1315 ntBASIC13.02□□□□□ -0.335e-7■■■■■ 47.7
SF3A3Q12874 PDXDC2P-NPIPB14P-203ENST00000529089 1580 ntTSL 211.27□□□□□ -0.615e-7■■■■■ 47.7
SF3A3Q12874 WDR90-204ENST00000546516 3593 ntTSL 215.1■□□□□ 0.017e-7■■■■■ 47.6
SF3A3Q12874 AHSG-203ENST00000478441 1269 ntTSL 211.44□□□□□ -0.588e-24■■■■■ 47.4
SF3A3Q12874 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.298e-7■■■■■ 47.3
SF3A3Q12874 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.652e-11■■■■■ 47.3
SF3A3Q12874 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.982e-6■■■■■ 47.1
SF3A3Q12874 SLC6A8-202ENST00000413787 468 ntTSL 515.87■□□□□ 0.131e-14■■■■■ 47.1
SF3A3Q12874 LTBP3-209ENST00000527792 923 ntTSL 214.69□□□□□ -0.061e-39■■■■■ 47
SF3A3Q12874 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.536e-8■■■■■ 47
SF3A3Q12874 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.186e-8■■■■■ 47
SF3A3Q12874 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.993e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 RASSF1-207ENST00000482447 1711 ntTSL 1 (best)21.12■□□□□ 0.973e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.753e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.693e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.646e-8■■■■■ 47
SF3A3Q12874 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.643e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.63e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 ENC1-202ENST00000508331 1405 ntTSL 418.76■□□□□ 0.593e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.563e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.563e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 ENC1-203ENST00000509127 584 ntTSL 318.22■□□□□ 0.513e-13■■■■■ 47
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SF3A3Q12874 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.193e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 RNF166-205ENST00000562544 502 ntTSL 516.01■□□□□ 0.156e-8■■■■■ 47
SF3A3Q12874 NEK8-206ENST00000584342 828 ntTSL 215.99■□□□□ 0.153e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 FBRS-205ENST00000484152 510 ntTSL 315.78■□□□□ 0.123e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 TNIP1-207ENST00000520695 658 ntTSL 415.52■□□□□ 0.083e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 NEK8-203ENST00000579060 647 ntTSL 313.8□□□□□ -0.23e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 FBRS-204ENST00000482749 725 ntTSL 513.63□□□□□ -0.233e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 ABCD1-201ENST00000218104 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.232e-7■■■■■ 47
SF3A3Q12874 ENC1-206ENST00000537006 2024 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.33e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 MYO18A-217ENST00000533652 542 ntTSL 512.64□□□□□ -0.393e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 SNORD3B-1-201ENST00000577988 758 ntBASIC12.61□□□□□ -0.393e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 TIMELESS-203ENST00000553532 5121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.73□□□□□ -0.693e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 TIMELESS-201ENST00000229201 4376 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.57□□□□□ -0.723e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 SNORD3B-1-202ENST00000617128 218 nt10.45□□□□□ -0.743e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 TIMELESS-205ENST00000557589 2784 ntTSL 210.43□□□□□ -0.743e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 SNORD3B-1-203ENST00000631292 217 nt10.4□□□□□ -0.743e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 TNIP1-213ENST00000522100 877 ntTSL 310.28□□□□□ -0.763e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 FBRS-203ENST00000468966 554 ntTSL 49.57□□□□□ -0.883e-13■■■■■ 47
SF3A3Q12874 TNIP1-209ENST00000521001 575 ntTSL 49.26□□□□□ -0.933e-13■■■■■ 47
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SF3A3Q12874 NEK8-204ENST00000579671 643 ntTSL 35.32□□□□□ -1.563e-13■■■■■ 47
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SF3A3Q12874 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.62e-6■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.595e-8■■■■■ 46.9
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SF3A3Q12874 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.572e-6■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.542e-6■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 PSRC1-212ENST00000492431 1870 ntTSL 1 (best)18.2■□□□□ 0.52e-6■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.462e-6■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.452e-6■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 DRG2-216ENST00000582314 1530 ntTSL 517.01■□□□□ 0.315e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.255e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 DRG2-203ENST00000467099 2531 ntTSL 216.07■□□□□ 0.165e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.166e-22■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 TMEM123-201ENST00000361236 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.085e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 TMEM123-202ENST00000398136 3579 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.075e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 DRG2-202ENST00000395726 1897 ntTSL 5 BASIC14.1□□□□□ -0.155e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 DRG2-214ENST00000580055 1838 ntTSL 513.71□□□□□ -0.215e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 DRG2-220ENST00000583355 891 ntTSL 3 BASIC13.7□□□□□ -0.225e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 DRG2-218ENST00000582528 5342 ntTSL 213.64□□□□□ -0.235e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 FAM102A-205ENST00000479828 366 ntTSL 513.58□□□□□ -0.245e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 TMEM123-204ENST00000526676 467 ntTSL 412.63□□□□□ -0.395e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 FAM238C-203ENST00000640121 3620 ntTSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.56e-22■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 DRG2-208ENST00000577450 566 ntTSL 411.93□□□□□ -0.55e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 TMEM123-208ENST00000532161 743 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.89□□□□□ -0.515e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 FAM238C-202ENST00000639963 1787 ntTSL 2 BASIC11.74□□□□□ -0.536e-22■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 DRG2-215ENST00000580929 389 ntTSL 510.46□□□□□ -0.735e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 DRG2-212ENST00000579224 683 ntTSL 59.84□□□□□ -0.835e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 FAM238C-201ENST00000638416 868 ntTSL 2 BASIC9.52□□□□□ -0.896e-22■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 PI4KA-212ENST00000484220 646 ntTSL 39.14□□□□□ -0.955e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 PI4KA-205ENST00000466162 589 ntTSL 48.66□□□□□ -1.025e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 ATM-201ENST00000278616 13147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.33□□□□□ -1.085e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 FAM238C-205ENST00000640641 391 ntBASIC7.91□□□□□ -1.146e-22■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 ATM-204ENST00000524792 5912 ntTSL 24.53□□□□□ -1.685e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 ATM-203ENST00000452508 12954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.92□□□□□ -1.785e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 ATM-221ENST00000533690 3354 ntTSL 53.88□□□□□ -1.795e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 TMEM123-205ENST00000528969 568 ntAPPRIS ALT2 TSL 43.8□□□□□ -1.85e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 TMEM123-207ENST00000531103 568 ntTSL 43.74□□□□□ -1.815e-8■■■■■ 46.9
SF3A3Q12874 TMEM123-203ENST00000525577 550 ntTSL 43.37□□□□□ -1.875e-8■■■■■ 46.9
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