Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC073592.8-201ENST00000624126 511 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AL035252.4-201ENST00000624174 288 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ACE-202ENST00000290866 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 MVB12B-201ENST00000361171 4819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ARL5B-201ENST00000377275 7196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 STOML1-204ENST00000541638 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC092070.4-201ENST00000599803 507 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PPP2CA-203ENST00000481195 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 NF2-202ENST00000338641 6025 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 POLR3D-202ENST00000397802 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SEPT8-205ENST00000378701 1817 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 MYRIP-202ENST00000396217 4877 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 METTL26-204ENST00000397665 558 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 DISC1-209ENST00000439617 7059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms