Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SCUBE1-202ENST00000360835 9808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ATXN2L-202ENST00000336783 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 KIF18B-203ENST00000590129 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 NOP9-201ENST00000267425 6033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ZNF497-201ENST00000311044 3468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SULT1C4-201ENST00000272452 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ATP2B3-204ENST00000370186 6742 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AC114490.1-201ENST00000417456 3163 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 LIMK2-203ENST00000340552 2789 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 RASA4B-207ENST00000541662 2794 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 NACC1-201ENST00000292431 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TOB2-201ENST00000327492 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 JPH4-205ENST00000622501 3489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 MCHR2-201ENST00000281806 2368 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ADAMTS14-201ENST00000373207 5260 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TBXAS1-201ENST00000336425 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ANK1-201ENST00000265709 6379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 KIAA1468-201ENST00000256858 5579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 KCNT1-207ENST00000487664 3845 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 DLGAP1-214ENST00000539435 2402 ntTSL 2 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CFLAR-204ENST00000341582 2056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PSMD9-201ENST00000261817 2307 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 FABP1-202ENST00000393750 1839 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 BTBD11-204ENST00000420571 3478 ntTSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 HELZ2-204ENST00000467148 8064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TARSL2-201ENST00000335968 3610 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PWP2-201ENST00000291576 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AL669918.1-201ENST00000452392 2705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 RHPN1-201ENST00000289013 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
RPUSD4Q96CM3 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC13.18□□□□□ -0.3
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