Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC17.52■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 TRPC6-202ENST00000348423 2448 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 CSNK1A1L-201ENST00000379800 2406 ntAPPRIS P1 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 AC002310.2-201ENST00000486926 950 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 FAM174B-201ENST00000327355 2792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
SOX4Q06945 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.7 ms