Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 BACE1-201ENST00000313005 6326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SCYL1-206ENST00000525364 2584 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SDC1P18827 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CRYZL1-202ENST00000361534 2224 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC15.71■□□□□ 0.1
SDC1P18827 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
SDC1P18827 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
SDC1P18827 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
SDC1P18827 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.1
SDC1P18827 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
SDC1P18827 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
SDC1P18827 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 NKIRAS1-208ENST00000443659 2391 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
SDC1P18827 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms