Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 RPF1-202ENST00000370656 724 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 HIST3H2BA-201ENST00000436555 524 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 CD63-208ENST00000549117 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC111170.2-201ENST00000585369 768 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 GUSBP2-202ENST00000479900 1203 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC099548.2-209ENST00000480264 625 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AP001005.4-201ENST00000572530 387 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PDIA3P1-201ENST00000471856 1510 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 ZNF138-201ENST00000307355 1141 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 HIST1H2AD-201ENST00000341023 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC104989.1-201ENST00000519711 778 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 RAB29-201ENST00000235932 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 CSF2-201ENST00000296871 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 RBM24-203ENST00000425446 1034 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 RPL28-206ENST00000558752 671 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 IFT20-214ENST00000585089 1071 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 ANKS3-227ENST00000592711 580 ntTSL 4 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 C19orf53-206ENST00000593274 491 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC084346.2-201ENST00000607097 949 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC099795.1-202ENST00000640492 759 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PRPSAP2-216ENST00000536323 1872 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.8 ms