Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 NR2E3-203ENST00000621098 2064 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 MLKL-202ENST00000308807 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 DZIP1-204ENST00000376829 3738 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 GAS2L2-201ENST00000604063 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 CDCP2-201ENST00000371330 2723 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 MEX3A-202ENST00000532414 6124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 RIMS1-210ENST00000491071 5047 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 NAT9-210ENST00000580301 1860 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 GARS-201ENST00000389266 2634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 KANK2-207ENST00000589894 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 FAM45BP-202ENST00000592932 1624 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 SLC6A11-201ENST00000254488 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 CNPY4-201ENST00000262932 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 AC004922.1-201ENST00000638617 2430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 AC139749.1-202ENST00000617529 3139 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms