Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 LRRC20-206ENST00000395011 2903 ntTSL 4 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 SIK1-201ENST00000270162 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 CU639417.2-201ENST00000613488 4705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 LINC00937-207ENST00000544461 3033 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 HCFC1-201ENST00000310441 8869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 KIAA1755-206ENST00000496900 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 MLKL-202ENST00000308807 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 MAP4K1-210ENST00000591517 2700 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 NBEA-201ENST00000310336 10794 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 NBEA-208ENST00000629018 10791 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 EXO5-203ENST00000372703 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 ZFAND4-203ENST00000374366 3821 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 TMEM25-206ENST00000442938 2228 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 MCHR2-201ENST00000281806 2368 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 IPO8-201ENST00000256079 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 NUP88-207ENST00000573584 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 ME2-201ENST00000321341 9415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 CROCC-201ENST00000375541 6656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 AC087164.1-202ENST00000583062 2158 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 NBPF9-207ENST00000615421 5835 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 PPIL2-212ENST00000626352 2625 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 AIFM2-202ENST00000373248 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 AC092198.1-201ENST00000447651 2691 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 PDP1-201ENST00000297598 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 PALLD-215ENST00000512127 2958 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 MAU2-201ENST00000262815 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 EIF4G1-209ENST00000414031 5569 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CCDC112Q8NEF3 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms