Protein–RNA interactions for Protein: Q13461

FOXE3, Forkhead box protein E3, humanhuman

Predictions only

Length 319 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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FOXE3Q13461 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC13.07□□□□□ -0.32
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FOXE3Q13461 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.32
FOXE3Q13461 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC13.07□□□□□ -0.32
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