Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PPHLN1-204ENST00000358314 1643 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ACE-204ENST00000428043 5120 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 NAGK-208ENST00000455662 1778 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MYB-209ENST00000442647 3304 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 KCNA5-201ENST00000252321 2800 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 RALGPS1-203ENST00000373434 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SDC1P18827 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.5 ms