Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 TMEM218-210ENST00000529609 734 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC005520.2-201ENST00000556194 573 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 FAM192A-212ENST00000566077 1066 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 COMMD6-203ENST00000377615 1793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 FGF6-201ENST00000228837 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC005342.2-201ENST00000544163 315 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 TBC1D16-205ENST00000572862 1141 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 LBHD1-201ENST00000354588 1320 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AL136982.4-201ENST00000437689 1740 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 NDUFB7-201ENST00000215565 531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC017116.1-201ENST00000445938 708 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC007389.4-201ENST00000454674 793 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 SPDYE17-201ENST00000412399 783 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms