Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 LCE1E-202ENST00000368771 575 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AC080129.2-201ENST00000418353 430 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 RPL7P3-201ENST00000441388 714 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AC003070.2-201ENST00000589730 386 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 APOA1-201ENST00000236850 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 APOA1-205ENST00000375329 927 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AC007952.1-202ENST00000399083 1173 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 RAB34-210ENST00000436730 863 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AC133539.2-201ENST00000604757 467 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AC106017.2-201ENST00000631194 1173 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AC114737.3-201ENST00000636708 570 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 DHPS-201ENST00000210060 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 TMEM106C-201ENST00000256686 1394 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AC005229.1-201ENST00000392885 409 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AC018685.1-201ENST00000457813 368 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 POLR2F-208ENST00000470701 584 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AL354740.1-203ENST00000593917 424 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AL158212.4-201ENST00000624062 1286 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 MOGAT3-202ENST00000379423 933 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 GOLGA2P4-201ENST00000441462 777 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AC106786.2-201ENST00000506859 561 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 LINC02279-201ENST00000553435 737 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AC006453.2-202ENST00000635968 827 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 PNMA3-202ENST00000593810 1432 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPHP3Q7Z494 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms